نهاد مرجعیت تداوم خط رهبری فکری و سیاسی پیامبر اکرم و ائمه‌ی اطهار(ع) بر جامعه شیعی است که ضمن پرداختن به تربیت فقها و اداره مدارس دینی، دخالت در امور سیاسی و اجتماعی را نیز وجهه همت خود قرار داده و در هر دوره به حکم اقتضائات خاص زمان وارد صحنه شده و به تمشیت امور پرداخته است. این روند در تاریخ معاصر بنا به تحولات سیاسی و فرهنگی مختلف از جمله انقلاب مشروطه و شکل‌گیری حکومت پهلوی با ایدئولوژی غربی برای کشاندن جامعه به ارزش‌های رایج در غرب شدت بیشتری گرفت.
شکل‌گیری حکومت پهلوی بر مبنای ناسیونالیسم ایرانی و سعی و تلاش رضاشاه و کارگزاران آن در محو و نابود ساختن فرهنگ بومی و سنتی ایران از مظاهر بزرگ این تحول است. در این دوره علی‌رغم تضییقات رژیم پهلوی حوزه علمیه قم بنیان‌گذاری شد و قوام یافت؛ هرچند روحانیت به حکم سیاست‌های دین‌زدایی رضاشاه در روزگار عسرت به سر بردند. با فوت شیخ مؤسس اداره حوزه به دست سه تن از مراجع صاحب نام افتاد که توانستند حوزه نوپای قم را از طوفان استبداد و سیاست‌های دین‌زدایی رضاشاه و هرج‌و‌مرج‌ها و هتاکی بعد از سقوط وی حفظ کنند و آن را به زعیم بزرگ شیعه آیت‌الله بروجردی تحویل دهند. به‌رغم تحقیقات مختلف درباره زمانه و زندگانی مراجع، زندگانی و فعالیت‌های مراجع ثلاث: آیات صدر، حجت و خوانساری کمتر بررسی شده و سهم آنان در پرورش و بالیدن حوزه و طلاب آن عصر چنان که باید مورد ارزیابی قرار نگرفته است. این اثر برای جبران خلأ مذکور به چاپ می‌رسد و امید است پایه‌ای برای تحقیقات مفصل‌تر و گسترده‌تر باشد.
انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ سوم کتاب «مراجع ثلاث» تالیف مصطفی قلی‌زاده علیار در 176 صفحه به بهای 100هزار تومان را منتشر کرد.